El Directorio de la Sociedad Japonesa de Beneficencia, según los estatutos de la corporación, está compuesto por ocho miembros que se eligen en la Junta General Ordinaria de cada año. A ellos se suma un representante de la Cámara Chileno Japonesa de Comercio, quien no tiene derecho a voto.
Este órgano es integrado por socios activos de la SJB -donde cada grupo de la Sociedad Japonesa tiene representación- el cual tiene como misión dirigir la Sociedad y administrar sus bienes; someter a la aprobación de la Junta General los Reglamentos que estime indispensable dictar para el funcionamiento de la sociedad y todos aquellos asuntos y negocios que crea procedentes; cumplir los acuerdos de la Junta General y rendir cuenta de la inversión de los fondos y de la marcha de la Sociedad en una memoria que comprende el período de sus funciones.
Directorio 2018-2019
Presidente: Pablo Sakamoto (Takeno)
Vicepresidente: Kiichi Uraoka (Andes)
Tesorera: Tomo Takasaki (Himawari)
Secretario: José Joaquín Suzuki (Shinrai)
Director: Yusei Ota (Andes)
Directora: Yumiko Hombo (Showa)
Director: Hiroshi Matsumoto (Showa)
Directora: Junko Kuroda (Himawari); desde septiembre de 2018 su puesto fue tomado por Michiko Sakimoto (Himwari)
Yoshio Tsuchizaki (Secretario Cámara Chileno Japonesa de Comercio)